مدلسازی به روش هومولوژی و شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین rab۲۳ انسانی به هدف انجام مطالعات docking با لیگاند کلسترول

نویسندگان

شیوا کلانتری

دانشگاه شهید بهشتی محمد تقی زاده

دانشگاه بیوشیمی و بیو فیزیک تهران معصومه دهقانی

دانشگاه بیوشیمی و بیو فیزیک تهران آرمین مددکار سبحانی

دانشگاه بیوشیمی و بیو فیزیک تهران مصطفی رضایی طاویرانی

چکیده

rab23 یکی از پروتئینهای خانواده rab می باشد که مسوول تنظیم ادغام و اتصال غشاء ویزیکولها با اندامکهای سلولهای یوکاریوتی می باشد. این پروتئین یک تنظیم کننده منفی خودکار سلولی برای علامت دهی(signaling) hedgehog در مهره داران است. مسیر علامت دهی hedgehog در رشد اکثر ارگانها و بافتهای مهره داران نقش محوری داشته و ارتباط آن با نقایص مادرزادی و بسیاری از انواع تومورها مشخص شده است. بنابراین دخالت rab23 در این مسیر و ناهنجاریهای بیانی آن در بسیاری از انواع بیماریها دیده می شود. از جمله بیماریهایی که ناشی از جهش در ژن این پروتئین و یا به طور کلی بیان غیر نرمال آن می باشند عبارتند از: سندرمهای carpenter و gorlin، کارسینومای تیروئید، هپاتوسل کارسینوما، تومورزایی و انواع مختلف سرطان.  در این مطالعه مدلسازی این پروتئین با استفاده از نرم افزار modeller9v7 پس از انتخاب الگوی مناسب با میزان شباهت بالا از داده پایگاه pdb به انجام رسید. بهترین مدل ساخته شده از طریق آنالیزهای نرم افزار procheck برای ورود به مرحله شبیه سازی انتخاب شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی آن با استفاده از نرم افزار gromacs به انجام رسید و سپس نواحی اتصال آن با کلسترول با استفاده از نرم افزار autodock4.2 به دست آمد. پایداری نمودار rmsd و انرژی نشان می دهند که مدل ساختار سه بعدی به دست آمده کاملا پایدار بوده لذا به واقعیت نزدیک است. مطالعات docking نشان می دهد که این پروتئین جایگاه اتصالی برای کلسترول دارد.  نتیجه گیری:داشتن جایگاه اتصال برای کلسترول بدان معنی است که این پروتئین علاوه بر انجام عملکرد خود با همکاری دیگر پروتئین ها مثل gli2  و gli3 با ورود به داخل غشا در ناحیه ای که دارای کلسترول است بخش دیگری از عملکرد خود را در اتصال غشا وزیکول انجام می دهد. با توجه به اهمیت بیولوژیک rab23 ، شبیه سازی آن در محیط in silico می تواند در جهت اهداف درمانی برای طراحی دارو و یا لیگاندهای مهاری مفید باشد.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

مدلسازی به روش هومولوژی و شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین Rab23 انسانی به هدف انجام مطالعات Docking با لیگاند کلسترول

 Rab23 یکی از پروتئینهای خانواده Rab می باشد که مسوول تنظیم ادغام و اتصال غشاء ویزیکولها با اندامکهای سلولهای یوکاریوتی می باشد. این پروتئین یک تنظیم کننده منفی خودکار سلولی برای علامت دهی(Signaling) hedgehog در مهره داران است. مسیر علامت دهی hedgehog در رشد اکثر ارگانها و بافتهای مهره داران نقش محوری داشته و ارتباط آن با نقایص مادرزادی و بسیاری از انواع تومورها مشخص شده است. بنابراین دخا...

متن کامل

مدلسازی به روش هومولوژی و شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین rab23 انسانی به هدف انجام مطالعات docking با لیگاند کلسترول

rab23 یکی از پروتئینهای خانواده rab می باشد که مسوول تنظیم ادغام و اتصال غشاء ویزیکولها با اندامکهای سلولهای یوکاریوتی می باشد. این پروتئین یک تنظیم کننده منفی خودکار سلولی برای علامت دهی(signaling) hedgehog در مهره داران است. مسیر علامت دهی hedgehog در رشد اکثر ارگانها و بافتهای مهره داران نقش محوری داشته و ارتباط آن با نقایص مادرزادی و بسیاری از انواع تومورها مشخص شده است. بنابراین دخال...

متن کامل

مقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure

کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...

متن کامل

شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین همولیزین باسیلوس پامیلوس و داکینگ آن با کلسترول و پیشگویی تغییرات کنفورماسیونی این پروتئین در طراحی دارو با کمک بیوانفورماتیک

همولیزین یک پروتئین خارج سلولی است که توسط بسیاری از باکتری‌های بیماری‌زا و غیر بیماری‌زا ترشح می‌شود. سطح فعالیت آنها غشای‌پلاسمایی گلبول‌های قرمز خون می‌باشد. همولیزین جزء سموم وابسته به کلسترول می‌باشد یعنی کلسترول را به عنوان گیرنده بر روی سطح سلول‌های خونی شناسایی کرده و از طریق آن به سلول هدف متصل می‌شود. در این تحقیق ما بر روی همولیزین گونه‌ایی از باسیلوس به نام باسیلوس پامیلوس SAFR0032 ...

متن کامل

بررسی تأثیر تغییرات درجه ی حرارت بر کنفورماسیون پروتئین پریون انسانی به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی

زمینه و هدف: بیماری های پریونی گروهی از اختلالات تحلیل برنده دستگاه عصبی بوده که منجر به مرگ بیمار می شوند. این بیماری ها تبدیل پروتئین پریون سلولی طبیعی (prpc) به ایزوفرم غیرطبیعی آن با صفحات بتای فراوان (prpsc)، تشکیل و تجمع رشته های آمیلوییدی با مکانیسمی ناشناخته در سلول های عصبی را به دنبال دارند. هدف از این مطالعه، بررسی تأثیر افزایش یا کاهش موضعی درجه حرارت بر این فرآیند تبدیل می باشد. مو...

متن کامل

بررسی رفتار شکست نانوکامپوزیت اپوکسی نانولوله کربنی دودیواره به کمک روش شبیه سازی دینامیک مولکولی

درا ین مطالعه، رفتار شکست نانوکامپوزیت های پایها پوکسی تقویت شده با نانولوله های کربنی دودیواره به روش دینام کی مولکولی بررسی شده است. برای آماده سازی مدل پلیمری، ساختار اتمی دقیق اپوکسی استفاده شده در مطالعات آزمایشگاهی و برای انجام شبیه سازی از پتانسیل های Tersoff  و Amber در توصیف رفتار نانولوله کربن و اپوکسی استفاده شد. از میان روش های موجود برای شبیه سازی فرایند ایجاد پیوند عرضی، روشی بهک ...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید


عنوان ژورنال:
زیست شناسی کاربردی

جلد ۲۶، شماره ۱، صفحات ۴۳-۵۵

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023